Деревня Агафониха расположена в 36 км от города Дмитров, в юго-юго-западном направлении
Относится к сельскому поселению Габовское
На юго-западе деревня примыкает к д. Мышецкое, на западе деревня - к д. Рыбаки. Ближайшие крупнейшие населенные пункты: п. Останкино СВХ (1 км на восток), с. Озерецкое (1 км на северо-восток), д. Поярково (5 км на юго-запад). Рядом находятся: деревни Глазово (4 км на север), Владычино (4 км на юго-запад), Акишево (4 км на север)
По состоянию на 2010 год в деревне зарегистрированы 18 жителей (11 мужчин, 7 женщин)
Высота над уровнем моря 208 м.
Координаты: 56°3΄12˝С.Ш. 37°22΄23˝В.Д.
Код ОКТМО: 46608413106
Код ОКАТО: 46208813008
Код КЛАДР: 5000500048000
автобус: 23
До этой деревни
остановка Рыбаки (570 метров)
Лобня - 14 км на автобусе 23
остановка Круглое озеро (1 700 метров)
Сходня - 16 км на автобусе 44
остановка Молокозавод (1 900 метров)
Дмитров - 63 км на автобусе 31/50