Деревня Малыгино расположена в 5.6 км от г.Троицка, в юго-западном направлении
На востоке деревня примыкает к с. Былово. Ближайшие крупнейшие населенные пункты: д. Красная Пахра (2 км на восток), с. Красная Пахра (3 км на восток), п. Шишкин Лес (4 км на юго-запад). Рядом находятся: деревни Поляны (1 км на север), Шахово (2 км на юго-запад), Городок (2 км на юг), Варварино (2 км на юго-восток), Шарапово (3 км на юго-запад)
По состоянию на 2010 год в деревне зарегистрированы 13 жителей (5 мужчин, 8 женщин)
Высота над уровнем моря 158 м.
Координаты: 55°26΄49˝С.Ш. 37°13΄37˝В.Д.
Код ОКТМО: 45948000
Код КЛАДР: 7700800000900